În anul 2006 a fost adoptată Hotărârea Guvernului nr. 731 privind preluarea în gestiune, de către Consiliul National pentru Studierea Arhivelor Securității, a arhivelor deținute anterior de fostele organe de securitate, documente aflate în conservare la Ministerul Apărării. Nota de fundamentare a fost semnată de ministrul justiției și de ministrul apărării.

Potrivit acestei Hotărâri de Guvern, Ministerul Apărării, prin Serviciul Istoric al Armatei, Direcția Instanțelor Militare și instanțele militare din municipiile Timișoara, Cluj-Napoca și Iași, va preda Consiliului Național pentru Studierea Arhivelor Securității fondul arhivistic preluat de la fostul Departament al Securității Statului, respectiv de la Serviciul Român de Informații, deținut anterior de fostele organe de securitate, care prezintă interes, potrivit prevederilor Legii nr. 187/1999 privind accesul la propriul dosar și deconspirarea poliției politice comuniste, cu modificările și completările ulterioare.

În conformitate cu dispozițiile art. 3 al aceluiași act normativ, predarea-primirea dosarelor prevăzute a fi preluate se va face pe bază de protocoale încheiate între Ministerul Apărării și Consiliul Național pentru Studierea Arhivelor Securității.

Protocoalele au fost încheiate între ministrul apărării și președintele Colegiului Consiliului Național pentru Studierea Arhivelor Securității, iar reprezentanții acestui organism s-au deplasat la sediile instanțelor militare din țară și la sediul Biroului Arhivă Cernica, ocazie cu care s-au întocmit procese-verbale semnate de ambele părți.

Aceste fonduri arhivistice au fost preluate în perioada 1991-1998 de la Serviciul Român de Informații, în baza Hotărârii Guvernului nr. 1134/1990.

Până la această dată au fost predate integral dosarele create de fosta Direcție a 5-a, care au fost în custodia Ministerului Apărării, precum și un număr de peste 3.000 de volume de la instanțele militare și de la Biroul Arhivă Cernica. Procesul de predare-primire se va derula în conformitate cu dispozițiile protocoalelor încheiate în acest sens.

Prin Hotărârea Guvernului României nr. 663, din 5 iunie 1990, s-a abrogat Hotărârea fostului Consiliu de Miniștri nr. 1310, din 27 iulie 1954, privitoare la conservarea unor categorii de dosare judiciare, iar preluarea acestora, de la Serviciul Român de Informații, de către direcțiile de specialitate ale instanțelor și parchetelor militare, s-a făcut în baza unui protocol încheiat în acest sens.

Referitor la precizările Biroului de Presă al Ministerului Justiției, Ministerul Apărării a comunicat în scris Ministerului Justiției că, potrivit art. l din Hotărârea Consiliului Suprem de Apărare a Țării nr. 60, din 17.04.2006, obligativitatea predării documentelor de arhivă ce privesc fosta Securitate către Consiliul Național pentru Studierea Arhivelor Securității o au Ministerul Apărării, Ministerul Administrației și Internelor, Serviciul Român de Informații, Serviciul de Informații Externe și Arhivele Naționale. Prin urmare, Ministerul Justiției nu era inclus între instituțiile care aveau o asemenea obligație.

Totodată, i s-a comunicat Ministerului Justiției faptul că, la acea dată, predarea-primirea către Consiliul Național pentru Studierea Arhivelor Securității a fondurilor arhivistice deținute de Biroul Arhivă Cernica și de instanțele militare se afla în desfășurare, astfel că nu se justifica stoparea acestui proces și predarea pe viitor a arhivei rămase prin intermedierea Ministerului Justiției.